La primera vez que los dos equipos se vieron las caras fue en la semifinal de la Copa UEFA en 1996. En la ida en Múnich el Barca empato en Múnich 2-2 con goles de Oscar García y el rumano Georghe Hagi. Los goles del Bayern los marcaron Marcel Witeczek y Mehmet Scholl. Pese a que ese resultado parecía una buena renta, el Bayern sorprendió al Barca en la vuelta en el Camp Nou y se impuso por 1-2 con goles de Markus Babbel y de Witeczek. El gol del Barcelona lo marcó Iván de la Peña. En la fase de grupos de la Liga de Campeones en la temporada 1998/1999 el Barca perdió en Múnich por 1-0, con gol de Effenberg. En el Camp Nou, el Bayern repitió la victoria (1-2) con goles de Alexander Zickler y del bosnio Hassan Salihamidzic mientras que el tanto del Barcelona lo hizo el brasileño Giovanni.
El último partido de los dos equipos se dio en cuartos de final de la Liga de Campeones en 2009. La ida se jugó en el Camp Nou donde el Barcelona pasó por encima del Bayern y liquidó el partido con un 4-0 con dos goles de Lionel Messi, uno del camerunés Samuel Eto»o y otro del francés Thierry Henry. Se trata de la derrota más alta encajada por el Bayern en su historia en las competiciones europeas. La vuelta en Múnich se saldó con un empate 1-1 con goles de Frank Ribery, para el Bayern, y Keita, para el Barca
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